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01 附件说明

蛋白质数据库及其结构预测

课时总数 : 48分钟|学习有效期30天

课程简介

讲师：庞老师资深生物信息分析工程师

蛋白质基础知识

蛋白质机构层次

蛋白质数据库

蛋白质结构预测

三级结构模型质量评估

实例演示

蛋白质结构预测的问题从数学上讲，是寻找一种从蛋白质的氨基酸线性序列到蛋白质所有原子三维坐标的一种映射。典型的蛋白质含有几百个氨基酸、上千个原子，而大蛋白质（如载脂蛋白）的氨基酸个数超过4500。所有可能的序列到结构的映射数随蛋白质氨基酸残基个数而呈指数增长，是天文数字。然而幸运的是，自然界实际存在的蛋白质是有限的，并且存在着大量的同源序列，可能的结构类型也不多，序列到结构的关系有一定的规律可循，因此蛋白质结构预测是可能的。

1、二级结构的预测方法：
Chou-Fasman算法
GOR算法
多序列列线预测
基于神经网络的序列预测
基于已有知识的预测方法（knowledge based method）
混合方法（hybrid system method）
2、三级结构的预测：
同源性建模
“串线（threading）”算法

蛋白质结构预测常用数据库：

蛋白质数据库及其结构预测

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