讲师：庞老师
上一节课，我们已经学到了序列比对的基本概念，和算法，这节课主要学习序列比对的工具：
FASTA工具
BLAST工具
ClustalX/W
通过实践和练习，让大家有一个更深的了解，增加大家对序列比对有一个深入的认识。
本课程分为三个视频，序列比对-上-1，序列比对-上-2，序列比对下，同学们只要在这其中一个页面中支付一次，即可获得这2个视频。
多序列比对
在生物序列分析中,有时需要识别多条序列的公共特征,这就要进行多序列的最佳比对分析。简要介绍三种算法工具。
(1)clustalW。clustalW 是应用最为广泛的多序列比对算法,它采用渐进式比对算法,实现过程主要分为三个步骤:第一,对所有的序列进行两两比对,并构建一个距离矩阵。第二,从距离矩阵出发生成一个用于比对的指导树。第三,根据指导树给定的序列次序,将每个序列依次加入,逐渐形成有更多序列参与的比对,直到所有序列都加入,最后输出最终的比对结果。
(2)YAMA。YAMA 是一个用于比对长度较长的 DNA 序列的算法,也采用了渐进式的比对方法,在每一次的比对中,设法使两两组对求和值达到最大化,该算法将比对区域限制在动态规划矩阵的两条边界之间来提高计算效率。在进行比对时,可以预先设定一组匹配模式,YAMA 算法就会从最终得到高分比对中选择出跟先前设定模式相匹配的结果。
(3)MUSCLE。MUSCLE 也是一个高效的多序列比对工具,首先,基于两序列比对的得到的相似性程度构建距离矩阵,然后在距离矩阵的基础上生成进化指导树;然后,在第一步指导树的基础上形成初步的序列多序列比对,由此可以获得每两条序列包含相同残基的概率,并计算其距离,然后根据此距离再次获得进化指导树,此过程又称精化指导树;最后,在精化指导树的基础上做删除处理,从而找到更优的新比对结果,如此将该过程反复进行,直到达到最优的比对结果。
